ملکیان معتقد است ریشه مشکلات جامعه را عمدتاً باید در فرهنگ و اخلاق جستجو کرد و توجه به سیاست برای حل مشکلات، نوعی سطحی‌نگری‌ست. او می‌گوید:
حتی اگر نهادهای اجتماعی ما سامانه‌ای را که باید و شاید ندارند، به علت این است که کسانی که در آن نهادها دست‌اندرکارند، از لحاظ روان شناختی یا اخلاقی یا هر دو ناسالم‌اند و عیب و نقص دارند. هر چه کندوکاو می‌کنم، می‌بینم که هیچ مسئله و مشکل اجتماعی و از جمله سیاسی‌ای نیست، الا این که با یک یا دو یا سه یا چند واسطه به مسئله و مشکل روان‌شناختی یا اخلاقی‌ای می‌رسد.
او خاطرنشان می‌کند:
هیچ‌وقت با رضا و رغبت و علاقه قلبی و باطنی در مسائل سیاسی اظهار نظر نکرده‌ام و فقط وقتی چنین کرده‌ام که خود را اخلاقاً موظف به اظهار نظر دیده‌ام و آن هم وقتی‌ست که یک امر سیاسی آثار و نتایج آشکار در روان و اخلاقیات مردم دارد.
دین
به اعتقاد ملکیان، نقطه قوت دین آن است که بر تحول درونی تأکید می‌کند و تحول بیرونی را منوط به تحول درونی می‌داند. بدفهمی‌هایی که از دین صورت می‌گیرد عبارتند از: 1. دین داری را به معنای مالکیت حقیقت بگیریم؛ 2. تعبّد؛ 3. تلقی صرفاً منطقی از بحث توحید؛ 4. حجره حجره کردن دین و خلاصه کردن آن در یک یا چند حجره؛ 5. مطلوبیت ذاتی قائل شدن برای عبادت و 6. بی صداقتی. این بدفهمی‌ها منشأ رفتارهای نادرست اجتماعی است.[26][27]
خدا
ملکیان با تفکیک بین سه تصور از خدا - خدای متشخص، خدای متشخص انسانوار، و خدای نامتشخص - خدای نامتشخص یا نوعی وحدت وجود را می‌پذیرد. او چنین می‌گوید: «این تصور من درباره? خداست. من می‌گویم جهان هستی یک موجود است. این خداست؛ و چون بیرون از جهان هستی وجود ندارد (یعنی نیست)، او دیگر نمی‌تواند با بیرون از خود دادوستد داشته باشد، چون برونی وجود ندارد. هیچ موجودی با نیستی نمی‌تواند دادوستد کند.»[28] او در جایی دیگر دلیل این ترجیح را مسئله شر عنوان می‌کند.[29] خداگرایی و خداپرستی از دید او به این معناست که فرد به کل هستی رضایت داشته باشد و آن را بپذیرد: «برای دانستن اینکه کسی خداپرست و خداگرا هست باید دید آیا به کل این نظام راضی هست یا نه. هرکه به این نظام رضایت دهد (که رضایت دادن به یک قسمت از آن بسیار مشکل است) خدادوست است. … قسمت مشکلی که نمی‌توان به آن رضایت داد، شُرور هستی است.»[30]
